西南环境史研究所自2009年5月正式成立以来，坚持教学科研并重，以“教书育人、服务现实”为己任。目前研究所有专任在职教师两人，兼职研究人员十余人。研究所教师相继为历史系开设专业选修课“中国环境史”，为全校本科生开设素质选修课“中国环境史”和“生态文明与绿色发展”；为硕士生开设“环境史概论”“中国环境史专题”“环境史文献专题”“中国环境史的理论与实践”课程；为博士生开设“中国史通论”“中国环境史专题”“环境史前沿问题研讨”“环境史实践研究”课程，形成了系统完备的教学模式和人才培养体系。

截至2020年7月，西南环境史研究所已招收全日制硕士研究生12届共34人，其中毕业23人，在校攻读硕士学位研究生11人；招收全日制博士研究生8届共12人，其中毕业人数6人，在校攻读博士学位研究生6人。已毕业硕博士研究生均已实现圆满就业，就业率达100%。研究所培养的研究生先后获国家奖学金10人次、省政府奖学金27人次，校级奖学金9人次，学业奖学金40人次，以及其他各种奖学金20余项；研究生论文2篇获云南省优秀硕士学位论文，研究生参会论文获奖5项。

研究所目前有环境史、医疗疾病史、生态文明、地方文献整理与研究、灾害史、景观史、水利史等研究方向。2017年，周琼教授领衔申报的2017年度国家社科基金重大项目“中国西南少数民族灾害文化数据库建设”获准立项，2018年，耿金博士申报的2018年度国家社会科学基金青年项目“17—20世纪云南水田演变与生态景观变迁研究”获得立项，少数民族灾害文化和景观变迁研究亦是今后研究所的重点研究领域和方向之一。研究所一直践行“走出书斋、走向田野”的理念，多次赴滇西和滇南开展“生态环境变迁与环境疾病”田野考察。2012年与复旦大学史地所联合开展“西南山地环境变迁调查与研究”调查，开展调查活动数十次。自2015年以来，研究所开展生态文明课题调研3期20余人次，开展滇池口述环境史调查20余期，与地州院校合作建立环境史研究基地建2个。

2010年8月研究所承办“西南灾荒与社会变迁暨第七届中国灾害史”国际学术研讨会，2014年8月承办“全球化视野下的中国西南边疆民族环境变迁”国际学术研讨会，2016年8月承办首届云南大学“生态文明建设与区域模式”研究生暑期论坛，2016年12月承办“屏障与安全：云南生态文明区域建设的理论与实践”高端学术论坛，2017年12月，举办云南大学服务云南行动计划“生态文明建设的云南模式研究”项目推进会暨西南环境史研究所工作座谈会，2018年5月承办“传承与开拓：民国时期西南环境史史料整理与研究”学术研讨会，2018年6月，举办2017年度国家社会科学基金重大项目“中国西南少数民族灾害文化数据库建设”（项目批准号：17ZDA158）开题论证会，2018年7月，承办“转型与创新：云南生态文明建设与区域模式研究”暨第二届云南大学生态文明研究生暑期论坛，2018年9月与贵州原生态民族文化研究中心共同举办第八届原生态民族文化高峰论坛“口述环境史：理论、方法与实践”学术会议，2018年12月，承办云南省第十二届社会科学学术年会暨庆祝改革开放40周年生态文明建设专场“口述、图像与环境变迁：滇池生态文明建设实践”学术研讨会，开展生态文明专家访谈10余场，有序推动环境史和生态文明建设的研究，为云南及全国的环境保护营造了良好的学术氛围。

为了扩大学术交流，研究所每学期于周五举行“读书交流会”，创办学术内刊《西南环境史研究》（已发行5期）和《西南环境史研究简讯》（发行20期），与多家期刊合作建立“环境史研究”专栏。创办西南环境史研究网（www.xnhjs.ynu.edu.cn）、生态文明建设与研究网（www.yneccr.ynu.edu.cn），以及相配套的微信公众平台。